헬리코박터 균은 만성 위염, 위 십이지장 궤양을 일으키고 위암이나 MALT 림프종의 원인이 됩니다. 1994년 세계보건기구(WHO)에서는 이 균을 주요 발암인자로 규정하였습니다. 또한 특발성 혈소판 감소성 자반증이나 소아의 철결핍 빈혈 등과도 연관되어 있다는 연구가 지속적으로 나오고 있습니다.

그러나 헬리코박터에 감염된 모든 사람에서 위와 같은 질환이 발생하는 것은 아닙니다. 질병을 헬리코박터 균 감염 외에 환경적인 요인과 개인의 유전적 감수성 등 질환 발생의 취약성이 있는 경우에 발생하게 됩니다.